对于lncRNAs的识别大shRNA文库的方法bepaly买球

哺乳动物细胞周期是一个复杂和严格控制的事件。不同的控制机制万家灯火参与其调节。长非编码Rbepaly买球NA(lncRNA)已成为许多细胞过程的重要调节剂包括细胞增殖。然而,一个更具全球性和公正的方式来识别与细胞增殖重要性缺少lncRNAs。bepaly买球现在,研究人员从汉诺威医学院呈现用于功能lncRNA分析慢病毒为基础的文库shRNA的方法。他们通过识别lncRNAs危重参与细胞增殖验证了NIH3T3(3T3)成纤维细胞的库的方法。bepaly买球采用严格的选择标准,鉴定lncRNA NR_015491.1了3842个不同的RNA目标的研究人员在我们的图书馆表示。他们称这份成绩单NTEP(非编码增殖成绩单必要的),作为细胞周期进程bepaly买球善意lncRNA至关重要。在3T3和NTEP的抑制初级成纤维细胞防止键成纤维细胞标记物的正常细胞的生长和表达。在机制上,他们发现NTEP重要的是要激活P53伴随着增加细胞凋亡和细胞周期阻滞在后期G2 / M。我们的研究结果表明NTEP作为成纤维细胞增殖和功能的重要调节器。总之,这项研究表明,一个创新的shRNA文库的方法的适用性,以确定长期的大规模并行方式的非编码RNA的功能。bepaly买球

实验设计和选择策略标识
增殖lbepaly买球ncRNAs必不可少的

lncrna

一个)示意图在3T3细胞增殖的基于-lncRNA shRNA文库屏幕的工作流程。(b)图书馆感染质量控制:日志的散点图2转化的DNA测序阅读从基线样品进行归一化到2000万读取相对于测序读数的输入归一化汇集到2000万读取质粒文库(后5天文库感染)。(c)测序读数中CFSE低和 - 高亚群对lncRNA NR_015491.1(NTEP)的shRNA条形码。数据是倍数变化(FC)相对于条形码在针对萤光素酶控制每个子群的shRNA的读取。(d)的选择策略方案,以缩小影响增殖的初始lncRNA候选。UCE ultraconserved元素

陆Beermann J, Kirste D, Iwanov K, D, F Kleemiß,Kumarswamy R,舒密尔K,酒吧C,铺平。(2017) 一个大型shRNA文库方法鉴定lncRNA Ntep是细胞增殖的重要调控因子细胞死亡是不同的[Epub先于印刷版]。( 文章]

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