gdcrnatools–一个r/bioconductor包,用于lncrna的综合分析,miRNA,和gdc中的mRNA数据

中的大规模多维OMIC数据基因组数据共享(gdc)为研究不同RNA物种之间的串扰及其在癌症中的调节机制提供了机会。为了便于这类研究,需要使用易于使用的生物信息学管道。研究人员来自加利福尼亚大学河边开发了一个用户友好的R/Bioconductor包,命名为gdcrnatools,为了方便下载,组织,并分析GDC中的RNA数据,重点解读癌症中与lncRNA相关的竞争性内源性RNAS(cernas)调节网络。我们的软件包中使用了许多广泛使用的生物信息学工具和数据库。用户可以轻松地打包首选的下游分析管道或将自己的管道集成到工作流中。gdcrnatools内置的交互式闪亮web应用程序大大提高了分析结果的可视化。

gdcrnatools工作流LNCRNA

可利用性–gdcrnatools是一种R/Bioconductor封装,可在网址:https://github.com/jialab-ucr/gdcrnatools

李瑞曲王先生,Wei J张L,妈妈,Lu JZhu J钟WD,贾兹。(2017年) gdcrnatools:一个r/bioconductor包,用于lncrna的综合分析,miRNA,和gdc中的mRNA数据. 比奥X[印刷前电子版]。[ 摘要]

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