长非编码RNA的遗传变异与非酒精性脂肪肝的风险

人类转录组包含大量非蛋白质编码的RNA物种,包括长的非编码RNA(lncrnas)。bepaly买球在转录和表观遗传调控中具有显著作用。研究人员在布宜诺斯艾利斯大学假设lncrnas的变异影响对非酒精性脂肪性肝病(NAFLDbepaly买球)的易感性。使用下一代测序技术,他们对随机选择的lncrna基因组区域的基因变异进行了调查,这些区域位于实验验证和计算预测的调控元件内。他们使用了两个阶段(探索,n=96和复制,n=390)病例对照方法,包括特征明确的肝活检诊断为NAFLD的患者。在质量分数>q17时,他们对263个以上的megabase对进行了测序。总共有2027565个读数,包括170个lncrna基因组区域。在序列分析和验证数据集中,他们发现位于lncrna(lnc-jam2-6)的rs2829145 a/g与NAFLD和疾病严重程度有关。预测lnc-jam2-6调控元件显示癌基因mafk和jund的潜在序列特异性结合基序。以及参与炎症反应的转录因子cebpb。A等位基因与NAFLD的疾病特征和疾病严重程度显著相关(NASH非酒精性脂肪性肝炎vs.控制。与纯合子GG相比,A等位基因携带者的体重指数和葡萄糖相关性状也明显较高。因此,这些结果表明lncRNas的变异导致了NAFLD的严重性。bepaly买球同时指出了NAFLD基因成分的复杂性,这涉及到尚未探索的基因组调控区域。

目标基因的预测分析,mir-375和mir-19a-b簇的调控网络和相关功能途径

LNCRNA

该图代表了在共表达簇中聚集的预测目标的热图,并根据其生物学功能基于kegg(京都基因和基因组百科全书)路径或基因本体(go)分析进行排序。kegg路径由字母代码(hsa)和5位数字组合标识;GO术语由7位数字的代码标识。结果表示为r平方[r;p值代表富集分数的显著性,以名义p值<0.01和错误发现率(fdr)<0.25表示。MIR-375的预测目标由634个基因组成。其中317个属于前50个百分点。mir-19a和19b的预测目标由3577和3320个基因组成。分别;其中1789和1660属于前50个百分点,分别。预测由Cometa程序(小RNA靶基因共表达荟萃分析)进行。在网站上提供http://cometa.tigem.it网站.

苏科尼亚勒尔C萨拉蒂诺A多巴唑,吉亚诺蒂卡斯纳诺,皮罗拉CJ(2017) 长非编码RNA的遗传变异与非酒精性脂肪肝的风险. 肿瘤靶点[印刷前电子版]。[ 文章]

留下答复

您的电子邮件地址将不会发布。已标记必需字段*

*