全基因组长的基因间非编码rna的发现

长基因间非编码rna (Long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs)在许多生物学过程中起着关键作用。大鼠是生物医学研究的重要模式生物。最近的研究从几个样本中检测到了大鼠的lincRNA基因。然而,利用大型RNA-seq数据集鉴定大鼠lincRNAs的研究仍未见报道。在此,使用来自59个出版物的超过1000亿个RNA-seq解读,连同RefSeq和UniGene注释的rna,西安工业大学研究人员报告了19162个lincRNA基因编码的39154个lincRNA转录本。它们揭示了大鼠、小鼠和人类的lincRNAs序列和表达的相似性。lincRNAs的DNA甲基化水平高于转录起始位点(TSSs)的蛋白编码基因。此外,三个lincRNA基因与与自发性高血压疾病相关的差异甲基化区域(dmr)重叠。此外,三种转录因子(HNF4A、CEBPA和FOXA1)在lincRNA基因和蛋白编码基因之间存在类似的结合趋势,说明它们具有相似的转录调控机制。迄今为止,这是对大鼠基因组中lincRNAs最全面的评估。研究人员提供了有价值的数据,将推动lincRNA的研究使用老鼠作为模型。

lncRNA

描述lincrna鉴定的流程图。处理(一个) RNA-seq数据集(b)引用数据集,(c) UniGene数据集,(d)合并来自RNA-seq、RefSeq和UniGene的lincRNAs。

李A,周ZY,黑X, Otecko NO,张J,刘Y,周H,赵Z,王L。(2017) 大鼠长基因间非编码rna的全基因组发现及其表观遗传特征Sci代表7 (1):14817。( 文章]

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