intnetlncsim——一种推断人lncrna功能相似性的综合网络分析方法

越来越多的证据表明,长的非编码RNA(lncrnas)通过与mrnas/mirnbepaly买球as相互通信参与各种生物学过程和复bepaly买球杂疾病。利用lncrnas与mRNa/mirnas之间的相互作用来研究lbepaly买球ncrnas的功能,预测新的lncrna疾病相关性是一种有效的方法。

研究人员来自哈尔滨医科大学提出了一个综合框架,intnetlncsim中,通过模拟包含lncrna相关转录和转录后信息的集成网络中的信息流来推断LFS。通过研究LFS与lncrna相关的mRNA集(lmrsets)和microrna集(lmirsets)的相似性,评价了intnetlncsim的性能。因此,Intnetlncsim的LFS与lmrset(Pearson相关γ2=0.8424)和lmirset(Pearson相关γ2=0.2601)显著正相关。尤其,intnetlncsim的性能优于以前的几种方法。在应用LFS识别新的lncrna疾病关系的情况下,在实验验证的lncrna疾病相关性的基础上,开发人员获得了ROC曲线下的一个区域(0.7300),这是基于“漏掉一个”交叉验证。此外,文献挖掘证实的高等级lncrna疾病协会显示了intnetlncsim的优异表现。

系统概述

LNCRNA

可利用性–提供了一个可访问网络的系统,用于查询LFS和潜在的lncrna疾病关系:http://www.bio-bigdata.com/intnetlncsim

Cheng LShi HWang Z胡依,杨辉,周CSun J周明(2017年) intnetlncsim:一种综合网络分析方法,用于推断人体lncrna的功能相似性。 肿瘤靶点7(30):47864-47874。[ 文章]

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