长非编码RNA介导的转录网络干扰的lncmap–泛癌图谱

基因调控网络干扰有助于癌症的发展和进展,然而,介导转录扰动的分子决定因素仍然是癌症生物学的一个基本挑战。研究人员德克萨斯大学安德森癌症中心医学博士结果表明,通过将全基因组转录调控与成对的lncrna和基因表达谱相结合,长非编码RNA(lncrnas)广泛介导转录扰动。bepaly买球制度建设LncRNA调制器地图集的Pan-cancer (LncMAP)揭示了不同类型的LncRNA监管分子,在多个组织中表达,表现出更高的保护性。引人注目的是,癌症与类似的组织起源分享lncRNA调节器,扰乱细胞周期的调节和免疫与响应相关的功能。此外,研究人员鉴定了大量具有潜在临床意义的泛癌lncRNA调节剂。它们在癌症中有不同的表达,或者与跨细胞株的药物敏感性有很强的相关性。根据lncrna介导的转录干扰进一步对癌症患者进行分层,确定具有不同生存率的亚型。最后,他们犯了一个友好的用户界面用于探索lncRNA-mediated转录扰动在癌症类型。这项研究提供了一个系统性的解剖lncRNA-mediated监管扰动癌症,也提供了一个有价值的工具和资源调查lncRNAs癌症的功能。bepaly买球

一个整合的框架确定了广泛的lncRNA介导的
在pan-cancer转录网络扰动

LNCRNA

)全球转录网络扰动观察癌症类型。全球lncRNA调节器调节网络扰动进行了分析的基础上提出LncMod方法。针对不同的功能特性,对识别出的调节剂进行了分析。包括癌症特异性,微分表达式,癌症标志,药物活性和临床协会。()识别不同癌症类型的lncRNA调节剂的框架。首先,TF-gene规定被确定基于ChIP-Seq数据集。第二,回归分析是用来确定基于基因表达上下文相关的监管。下一步,用改进的lncmod方法发现了lncRNA介导的每种癌症类型的转录网络干扰,并进一步分类为6种调控模式。

可利用性–可以使用用户友好的lncmap Web界面:http://www.bio-bigdata.com/lncmap

李Y李L,王Z,潘特萨尼Jin XWang GLi J郑X,Zhang Y徐J,伊斯,李旭。(2018) 长非编码RNA介导的转录网络干扰的泛癌图谱. 核酸Res[印刷前电子版]。[ 文章]

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