lncpipe–一种基于nextflow的管道,用于从RNA序列数据中识别和分析长的非编码RNA。bepaly买球

最近,长非编码RNA分子(lncrna)因其在多种生物学过程中的关键作用以及在各种人类疾病和癌症中的重要意义而受到广泛关注。识别和分析lncrnas是我们进一步了解其功能和调节机制的一个基bepaly买球本步骤。然而,基于RNA测序的lncrna发现由于复杂的操作和实现而受到限制。研究人员 中山大学癌症中心已经开发了一个一站式的管道,称为lncpipe,专注于从原始转录组测序数据中鉴定lncrnas。bepaly买球该管道是基于流行的工作流框架nextflow开发的,由四个核心程序组成,包括读取对齐,装配,识别和量化。它包含了各种独特的功能,例如设计良好的lncrnas注释策略,bepaly买球优化计算效率,分类多样,分析报告互动。此外,lncpipe允许用户取消管道,从命令重置参数或直接修改主脚本,并从继续检查点继续分析。

RNA序列

可利用性–lncpipe可从以下网址获得:https://github.com/likelet/lncpipe

赵Q,孙勇,王德张华,于克,郑杰,左慈(2018) lncpipe:一种基于nextflow的管道,用于从RNA序列数据中识别和分析长的非编码RNA。bepaly买球. 遗传学报[印刷前电子版]。[ 摘要]

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