lncpricnet–通过多级复合网络对候选疾病lncrnas进行全球优先排序bepaly买球

bepaly买球lncrnas在许多重要的生物学过程中起着关键作用,但是,对lncRNas在人类疾病中的作用的研究还处于起步阶段。bepaly买球因此,对可能与疾病相关的lncRNa进行优先排序是非常紧迫的bepaly买球。

研究人员来自上海交通大学开发了一种新的算法,LncPriCNet它使用一个多层次的复合网络来优先考虑与疾病相关的候选lncRNa。bepaly买球通过整合基因,bepaly买球LNCRNAS,表型及其关联,lncpricnet的总体性能优于以前的方法,AUC值高达0.93。尤其是,当缺乏已知疾病的相关信息时,lncpricnet仍然表现良好。bepaly买球当应用于乳腺癌时,lncpricnet确定已知的乳腺癌相关lncRNas,bepaly买球揭示了新的lncrna候选基因,并通过通路分析推断其功能。研究人员进一步构建了人类疾病lncrna景观,揭示了疾病lncrna网络的模块性,并确定了几个lncrna热点。总之,lncpricnet是区分疾病相关lncRNAs优先次序的有用工具,可能有助于在lncRNa水平上理解人类疾病的分子机制。bepaly买球

lncpricnet流程图

LNCRNA

)多层复合网络的建设。该网络由六个子网络构成。白色圆圈表示lncrna;白色方块表示基因;白色三角形表示表型。边缘的厚度表示权重分数。()lncpricnet优化候选lncrnas的流程图。bepaly买球第一,感兴趣的候选lncrna和种bepaly买球子节点映射到多级复合网络。然后,根据候选lncrnas接近种子节点的程度,采用全局扩展的rwr方法对候选lncrnas进行评分。bepaly买球最后,候选的lncrnas根据分数bepaly买球进行排名。紫色圆圈代表感兴趣的候选人名单;bepaly买球红色三角形表示感兴趣的疾病表型(表型种子)OMIM数据库;红色方块代表来自OMIM数据库的已知疾病基因(基因种子);红色圆圈表示已知疾病lncrna(lncrna种子)来自bepaly买球lncrnadisease数据库.

可利用性–lncpricnet以r语言实现。lncpricnet基于R的软件包可从以下网址获得:https://cran.r-project.org/web/packages/lncpricnet/index.html

姚问Wu LLi JYang LG太阳YLi Z他,Feng F李H,李毅。(2017年) 通过多层次复合网络对候选疾病lncrnas进行全球优先排序bepaly买球. 科学代表7:39 516。[ 文章]

留下答复

您的电子邮件地址将不会发布。已标记必需字段*

*