bepaly买球lncrnas2路径-根据全球网络传播方法识别受感兴趣的一组lncrnas影响的路径

长非编码Rbepaly买球NA(lncrnas)已被证明在不bepaly买球同的细胞过程和生物学功能中起着重要作用。探索与lncRNAs相关联的功能可能有助于洞察他们的潜在的生物机制。bepaly买球目前的方法主要集中在研究单个lncRNa的功能;bepaly买球然而,重要的生物学功能可能受到多个lncRNA的组合效应的影响。bepaly买球

在这里,研究人员来自哈尔滨医科大学开发了一种新的计算方法,bepaly买球lncrnas2通道,识别功能通路组合效应的影响感兴趣的一组lncRNAs基于全球网络传播算法。bepaly买球一种新的Kolmogorov-Smirnov类统计测度,由网络传播分数加权,它考虑了lncrnas和编码基因之间的表达相关性,bepaly买球被用来评估受感兴趣的lncRNas影响的生物学途径。bepaly买球研究人员描述了lncrnas2路径方法,并通过分析与胶质瘤相关的三组lbepaly买球ncrna来说明其有效性。前列腺癌和胰腺癌。他们进一步分析了再现性和鲁棒性,并将其结果与其他两种方法的结果进行了比较。基于这些分析,他们表明,LncRNAs2Pathbepaly买球ways可以有效地识别与lncRNA集相关联的功能通路。

lncrnas2通道流程图bepaly买球

LNCRNA

步骤1。RNA-Seq数据和蛋白质相互作用数据集成构建数控网络。步骤2。一组感兴趣的lncbepaly买球RNa被映射到基因相关网络,采用全局网络传播算法计算蛋白质编码基因的传播分数。这反映了基因受lncrnas影响的程度。bepaly买球根据繁殖分数构建蛋白质编码基因排序表。步骤3。给定路径中的蛋白质编码基因被映射到排序的蛋白质编码基因列表,而es(p)是通过遍历列表来计算的。进行置换试验以确定具有统计学意义的途径。

可利用性–lbepaly买球ncrnas2路径作为基于R的工具免费提供:https://cran.r-project.org/web/packages/LncPath/

韩杰,刘斯太阳Z,Zhang YZhang F张丙商,Yang H苏菲Xu Y李C,仁和李旭。(2017) bepaly买球LncRNAs2Pathways:识别感兴趣的途径受到一组lncRNAs基于全球网络传播方法. SCI代表7:46566。[ 文章]

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