lncvar–与长非编码基因相关的遗传变异数据库

长非编码RNA(lncrnas)在许多分子bepaly买球途径中是必不可少的,经常与疾病有关,但是大多数lncRNa的机制还没有被描述出来。bepaly买球遗传变异,包括单核苷酸多态性和结构变异,在基因组中广泛分布,包括lncrna基因区。随着对lncrnas的研究数量迅速增长,bepaly买球有必要评价基因变异对lncRNas的影响。bepaly买球

在这里,研究人员来自中国科学院RNA生物学重点实验室介绍LncVar,与6种长非编码基因相关的遗传变异数据库。他们从bepaly买球非代码数据库,并评估了它们的保护。系统整合了lncrnas的转录因子结合位点和m6a修饰位点,提供了snps对lncrnas转录和修饰的综合作用。bepaly买球他们在lncrnas中收集假定翻译的开放式阅读框架,bepaly买球在ORF中识别出同义和非同义的单核苷酸多态性。研究人员还从文献中收集了lncrnas的表达定量特征位点。bepaly买球此外,他们鉴定了CNV区域的lncRNbepaly买球A作为癌症的预后生物标志物候选,并从细胞系的RNA序列数据预测了lncRNA基因融合事件。lncvar数据库可作为评价变异对lncRNas生物学功能影响的资源。bepaly买球

数据处理程序

LNCRNA

(a)与lncrnas相关的单核苷酸多态性的数据处理。bepaly买球(b)识别lncrnas作为预后生物标记候选物的数据处理。bepaly买球(c)识别lncrna基因融合事件的数据处理。

可利用性–lncvar可在网址:http://bioinfo.ibp.ac.cn/lncvar

Chen X浩,崔范Z,他,Luo J陈河(2016) 与长非编码基因相关的遗传变异数据库。 生物信息学[印刷前电子版]。[ 摘要]

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