心血管研究bepaly买球中的长链非编码RNA数据库

lncrna

现有数据分为四类:基本基因组注释,lncRNA表达式,分子相互作用,和序列变量。

随着人们对长非编码RNA(lncrnas)在复杂人类疾病(如心血管疾病)中的调节功能越来越感兴趣,bepaly买球bepaly买球公共数据库越来越需要为这些多功能分子的各个方面提供全面和综合的数据。最近,已经开发出各种专门用于lncrnas的公共数据存储库,bepaly买球它利用了大量的高吞吐量数据,特别是来自下一代测序(NGS)方法的数据。

在这里,研究人员大学中自得其乐,概述当前lncrna数据库,包括基本和功能注释,lncRNA的表达和调控,与其他生物分子的相互作用,以及影响lncrna结构和功能的基因组变异。bepaly买球

在ink4基因座(anril)中,显著的lncrna反义非编码RNA。通过全基因组关联研究(GWAS)已明确与冠状动脉疾病相关,作为示例来演示每个数据库的特性。

数据库 眨眼 数据内容
ChIPBase 1.1 http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 543年ChIP-Seq数据集
C-It-Loci http://c-it-loci.uni-frankfurt.de/ 119年RNA-Seq数据集
一氧化碳核糖核酸 http://www.bio-bigdata.com/co-lncrna/ 241 RNA序列数据集
戴安娜LNCASBASE http://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?R= LNCBASEV2 clip验证和预测lncrna上的miRNA靶点bepaly买球
GermlncRNA http://germlncrna.cbiit.cuhk.edu.hk/ 生殖细胞相关表达数据
Linc2go http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/∼liuke / Linc2GO / index . html 预测RNA相互作用的功能注释
LincSNP http://210.46.85.180:8080/LincSNP/home.jsp 5000个lincrnas和140000个疾病相关单核苷酸多态性
lnCeDB http://gyanxet-beta.com/lncedb/ >gencode的25000份lncrna转录本
3.1号 http://www.lncipedia.org/ 111685份来自文献和公共数据库的lncrna转录本
林克雷格 http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/ 1081个人工策划的lncRNA相互作用
lncRNA2Function http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/ 来自19个bepaly买球组织的9625个lncrnas和rna-seq数据
LNCRN2靶 http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2target/ lncRNA−从击倒目标协会/超表达
lncRNAdb v2.0 网址:http://lncrnadb.com/ 295个lncrna基因,文献整理
LncRNADisease http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease > 1000 literature-extracted lncRNA−疾病注释
lncRNAMap http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/ 来自geo和sra的RNA序列数据
bepaly买球lncRNASNP http://bioinfo.life.hust.edu.cn/bepaly买球lncRNASNP/ 预测snp在>30,000 lncRNA转录本中的作用
监控器 网址:http://lncrnator.ewha.ac.kr/index.htm 243份来自公共数据库的RNA-Seq研究
LncRNAWiki http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page bepaly买球lncRNAs GENCODE,NONCODE,小动物,和lncRNAdb
lncRNome http://genome.igib.res.in/lncRNome/ 来自公共数据库的1bepaly买球7000个lncrna
NONCODE 2016 网址:http://www.noncode.org/ 527,336份来自文献和公共数据库的lncRNA转录本
NPNTER 3 http://www.bioinfo.org/NPInter/ 大约500000个已验证的分子相互作用
NRID http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl 8个微阵列平台的表达谱
PhyloNONCODE http://www.bioinfo.org/phyloNoncode/ >135,000 lncrna的保守注释bepaly买球
PLncDB http://chualab.rockefeller.edu/gbrowse2/homepage.html >来自平铺阵列和Rbepaly买球NA序列的13000个lncrnas
SNP:LICTFBS http://210.46.85.180:8080/SNP_linc_tfbs/ 5835 lincRNAs,690年ChIP-Seq数据集,来自dbSNP的14万个snp
母星v2.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 111年CLIP-Seq数据集
TF2LNCRNA 网址:http://mlg.hit.edu.cn/s2lncrna/analyze.jsp 22531份lncrna转录本和425份chip seq数据集
zflncRNApedia http://genome.igib.res.in/zflncRNApedia/ 2267条斑马鱼lncrnas的chip seq和rna seq数据bepaly买球

Ruhle F,斯托尔M。(2016)心血管研究bepaly买球中的长链非编码RNA数据库基因组蛋白质组生物信息学[Epub before print]。(文章]

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