新工具预测蛋白质和RNA的相互作用

  • 中国中铁人员开发全球得分,这种方法允许,第一次,预测蛋白质相互作用长非编码rna。bepaly买球
  • 实验验证该算法帮助科学家优先考虑约束力的合作伙伴,这将有助于我们理解长非编码RNA在正常细胞功能和疾病中的作用。bepaly买球

远离阅读人类基因组中包含的信息,为了充分了解它的工作原理,研究人员的目的是了解这个微小的调节齿轮中所有元素的进出。许多实验室,财团和项目致力于得到全局视图的功能区域的基因组和细胞类型的基因是活跃的。

有趣的是,只有一小部分人类基因组(约2%)含有编码蛋白质的基因,细胞的构建块。剩下的98%的监管很重要,这意味着它参与控制何时何地基因是活跃的。基因组的大部分产生RNA分子,被称为bepaly买球非编码rna,不同的大小,结构和功能。由于不同类型的非编码RNA可以以不同的方式与蛋白质相bepaly买球互作用,都投入相当大的努力调查。到现在为止,没有计算工具来处理非常长的RNA序列并通过实验方法研究它们目前是一个巨大的挑战。

在最近发表的一篇文章中自然方法,研究人员基因调控中心在巴塞罗那(西班牙),与科学家们合作在Monterotondo EMBL的网站(意大利)和加州理工学院(美国)引入了一种新的计算工具来预测蛋白质与长非编码RNA的相互作用,bepaly买球他们使用先进的实验技术进行验证。

“长的非编码bepaly买球RNA与各种蛋白质相互作用,介导重要的细胞功能。试图找出这些交互可以是一个很好的起点,以了解这些分子的角色在细胞的正常功能,也在疾病,“解释了吉安盖太诺塔尔塔利亚,ICREA基因组研究中心教授监管(点)和本文的主要研究者。

新的计算工具,被称为全球得分,允许科学家预测,在非编码RNA序列,bepaly买球一种蛋白质将建立一个身体接触。这样做,这不仅算法集成了全球蛋白质绑定特定RNA的倾向,但也这样一个绑定的地方特色。““RNA的结构预测蛋白质相互作用时是绝对重要的。我们的主要挑战是能够与RNA序列一起工作,而不管它们的长度如何,以便在寻找蛋白质伴侣时,能够完整地了解它们的结构特性。,“Davide Cirillo补充道,博士后研究员中国中铁和论文的第一作者。““算法我们开发了集成信息,不仅让我们可以预测蛋白质伙伴也优先考虑他们的实验验证。这个方法论进步将是至关重要的,以便更好地研究长非编码rna及其功能bepaly买球“,研究人员总结道。

全球的培训和测试分数预测蛋白质相互作用大型rna

lncRNA

(一个)全球评分预测RBP大型rna相互作用。(b)培训(绿色曲线,ROC曲线下面积(AUC) = 0.84)和测试(黑色曲线,AUC = 0.80)表演。虚线表示的一个随机预测(AUC = 0.50)。(c)转录分析:易相互作用的RBP(连续线)从低读取计数增加到高读取计数,虽然low-propensity RBPs(虚线)减少(P值< 1030;显示三个RNA;eCLIP化验)。(d)全球评分预测与实验报告的数量Xist交互与特定的RBP(绿线,p值<0.01时的显著性)。箱线图界限为上、下四分位数;中心线代表中间值,胡须代表最小值和最大值。(e)预测结合位点(top;数字和阴影表示预测的排名)和eclip实验(底部;读取匹配的计数和重要性)。Xist串联重复序列与橙色盒子和字母表示(,fH,B,C,D,E)。核苷酸底部坐标。

这项工作亮点,再一次,生物信息学和计算生物学的相关贡献推动知识和关键作用促进和加速在生命科学的研究。

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西里洛D布兰科M,Armaos,Buness,会员P,格特曼M,Cerase,塔尔塔利亚GG。(2016) 蛋白质与长非编码RNA相互作用的定量预测. NAT方法14(1):5-6。( 摘要]

源,基因调控中心

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