长链非编码rna的下一代测序分析

下一代测序方法,特别是RNA-seq,提供了一个全基因组的表达谱,允许识别新的和罕见的转录本,如长链非编码rna (lncRNA)。目前已经进行了许多RNA-seq研究,目的是对lncrna的特性进行描述,以及它们可能参与不同生物体、细胞类型和组织的细胞发育和分化。bepaly买球

研究人员国立分子遗传学研究所,米兰提出一种基于RNA-seq聚合酶链反应(RNA-seq Poly-A)对lncRNA进行鉴定和表征的方法+使用双端Illumina读取分数数据。这条管道包括所有的软件、命令行和建议,用于对lncRNA进行完整的NGS分析,从质量控制开始,并读取到lncRNA签名的差异表达分析或标识的映射。bepaly买球它最初是为了识别在人类淋巴细胞群中表达的lncrna而开发的,可以应用于任何可用的RNA-seq数据集。bepaly买球

数据调查:主成分分析和层次聚类

lncRNA

(一个)主成分分析(PCA)使用DESeq2 rlog归一化的RNA-seq数据对不同的CD4细胞进行分析+T细胞的子集。(b)对相同的归一化RNA-seq数据进行层次聚类分析。用于聚类的距离度量值由白色(低相关)到深蓝色(最大相关)的颜色代码表示。

Ranzani V, Arrigoni A, Rossetti G, Panzeri I, Abrignani S, Bonnal RJ, Pagani M。(2017) CD4+ T细胞分化中长链非编码rna的下一代测序分析方法杂志1514:173 - 185。( 摘要]

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