lncRNA调控的泛癌分析支持它们在每个肿瘤环境中靶向癌症基因

长链非编码rna (Long noncodbepaly买球ing RNAs, lncrna)在肿瘤中通常是失调的,但是只有少数人在癌症中起着病理生理作用。一个由研究人员领导的团队贝勒医学院推断出不调节癌症途bepaly买球径的lncrna,癌基因以及肿瘤抑制因子(癌症基因),通过模拟它们对转录因子活性的影响,RNA结合蛋白,5185个TCGA肿瘤和1019个TCGA肿瘤中的microrna编码分析。这项预测包括数以百计的候选肿瘤和肿瘤抑制基因lncrnas(癌症lncrnas),它们的体细胞改变导致了14种肿瘤中每种肿瘤的几十种癌症基因和途径的失调bepaly买球。为了证明概念的证明,研究小组表明,针对oip5-as1(一种推测的肿瘤抑制因子)和tug1和wt1-as(推测的癌基因lncrnas)的干扰失调了癌症基因,改变了乳腺癌和妇科癌细胞的增殖。bepaly买球分析表明,尽管大多数lncrna在肿瘤bepaly买球特异性方面存在失调,一些人,包括OIP5-AS1,TUG1NEAT1,MEG3,和TS6,在多种肿瘤环境中协同失调癌症途径。

lncNETs癌症
LNCRNA

(A) LongHorn使用四种lncRNA调控模型预测lncRNA相互作用。包括结合和抑制TFS活性的lncrna诱饵,RBPs和小RNA(效应器)从而影响其可用于管理其目标的能力;结合蛋白质编码基因(pcgs)近端启动子并通过tfs改变其调控的共因子和指南;以及跨多个目标改变TFs和rbp活动的开关。

(b)模型认为lncRNas是效应器活性的调节器bepaly买球(即,lncrna的作用是通过bepaly买球效应物改变调控)。例如,预测OIP5-AS1可调节靶向蛋白前编码基因(PCGs) PIK3R1的效应子,TCF4,ZEB1FOXA1,FXP1,和PTEN在TCGA乳腺癌中的作用。

(c)在比较低和高OIP5-AS1丰度样本中效应器和目标之间的距离相关性时,观察到OIP5-AS1对活性的调节。OIP5-AS1在腔内肿瘤中上调,它被预测会增强IRF4,ETS1加工,和CREB5活动,导致其共同的PCG靶点PIK3R1失调,TCF4,和ZEB1。

(d)OIP5-AS1在基底样肿瘤中下调,它被预测会抑制监管机构的活动,包括TiA1,马克斯,和miR7693p,导致目标Foxa1失调,FXP1,和PTEN;每个目标显示前三个效应器。*P<5E—2,∗∗P<1E-2,附加项P<1E-3,和累犯条款p < 1 e−4,通过bootstrapping估计。

邱斯,索凡什S帕特尔EChen TWSingh VPZorman B,SL锅,Chatterjee党卫军,癌症基因组图谱研究网络,Sood AKGunaratne PH苏门秦P(2018) lncRNA调控的泛癌分析支持它们在每个肿瘤环境中靶向癌症基因。 细胞代表23(1):297-312.e12.[ 文章]

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