RNA序列分析bepaly买球

RNA-seq是一种转录组分析的方法,它使用深度测序技术来检测和准确定量特定时刻来自基因组的RNA分子。近年来,RNA序列的出现促进了全基因组表达谱分析,包括识别新的和罕见的转录物,如非编码RNA和新的选择性剪接亚型。转录组重建技术的进步使得从短读RNA序列数据中识别和表征数千个新的长非编码RNA成为可能。bepaly买球序列深度和读取长度的快速增加大大提高了转录重建的准确性,并提供了在全球范围内描述lncrnas的前所未有的可能性。bepaly买球

bepaly买球lncrnas被定义为长度大于200个核苷酸的转录物,具有低编码潜力。这个长度阈值的选择有些随意,但它有助于将lncrnas从其他非编码RNA类中分离出来,bepaly买球例如micrornas(micronas)。短干扰RNA(sirnas)PIWI相互作用RNA(pirnas)小核仁RNA(snornas)以及其他短的RNA。

bepaly买球lncrnas根据其所处的基因组环境被广泛分类:
  • 反义lncrnas是bepaly买球至少跨越一个邻近蛋白质编码外显子的转录物,并以相反的方向转录
  • 内含子lncrnabepaly买球s起源于内含子区域,它们不重叠任何带注释的外显子
  • 双向lncrnas是以不同方bepaly买球式从蛋白质编码基因的启动子启动的转录物。
  • 基因间的lncrnasbepaly买球是从蛋白质编码基因中分离出转录单位的lncrnas。

在这里,研究人员来自国家分子遗传学研究所,,意大利描述了从RNA序列原始样品开始鉴定和表征非编码RNA所需的分析步骤,特别强调长的非编码RNA(lncrnas)。bepaly买球

使用DESEQ2对原始RNA序列样本进行探索性数据分析

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)主成分分析(PCA)对rLog标准化表达数据进行分析,发现属于不同生物类别的样本之间存在分离。标签”)()通过对rlog规范化表达式数据进行分层聚类,得到了相似的结果。

阿里戈尼ARanzani VRossetti GPanzeri一世阿布里尼亚斯博纳尔RJ帕加尼M(2016) 分析RNA序列和非编码RNA. 方法分子生物学1480:125-35。[ 摘要]

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