SLNCKY–哺乳动物的进化分析揭示了不同种类的长非编码RNA。bepaly买球

转录组测序的最新进展使得在许多物种中发现了数千个长的非编码RNA(lncrnas)。bepaly买球bepaly买球尽管几种lncRNa在不同的生bepaly买球物学过程中发挥了重要作用,大多数lncrna的功能和机制仍然未知。bepaly买球两个重要的障碍在于转录组测序和lncrnas的功能特征:从从头重建的转录组中识别真正的非编码基因,bepaly买球bepaly买球并将产生的数百个假定的lncRNa优先用于下游实验询问。bepaly买球

研究人员来自博大研究所以及马萨诸塞大学医学院发展了Slncky,一种lncrna发现工具,它从RNA测序数据中产生一组高质量的lncrna,并进一步利用进化约束对可能在功能上很重要的lbepaly买球ncrna进行优先排序。它们的自动过滤管道与人工管理工作相当,比以前发布的计算方法更敏感。此外,他们开发了一个用于调整lncrna基因座的敏感的比对管道,并提出了与分析序列和转录进化相关的新的进化指标。他们的分析表明,进化选择有几种不同的模式,并揭示了两个值得注意的基因间lncRNA类:一类是RNA序列的强纯化选择,另一类是限制在调控而bepaly买球不是转录序列。

SLNCKY敏感地从重组RNA序列数据中筛选lncrbepaly买球nas

LNCRNA

Slncky过滤管线示意图。带注释的编码基因以深灰色显示,重建的中灰色转录物,并过滤浅灰色的转录本。对数柱状图由slncky识别的lncrnas(灰色)和编码基因(红色)的rnacode评估的编码潜力(p值)。bepaly买球C原木散点图编码电位(x轴)和对数的(p值)slncky的核糖体释放评分(y轴)确定了lncrnas(灰色)和编码基因(红色)。bepaly买球核糖体释放评分(rrs)沿Y轴右侧分布。虚线表示RRS分布平均值上下的一个标准差。与编码基因相比,经slncky鉴定的bepaly买球lncrnas具有更高的编码潜能p值和更低的rrs。D比较先前发布的lncRNas与slncky结果。bepaly买球slncky(灰色)还注释为lncrna的转录本数量,slncky删除的作为基因复制或编码的数字(浅蓝色和深蓝色)。以及slncky注释为lncrna但不是前一个管道(紫色)的附加转录本的数量。e与slncky结果相比,在先前出版的集合中识别出的特征良好的lncbepaly买球rna的百分比。横条以上的数字表示lncrna的绝对数。bepaly买球

这些结果表明,lncrnas不是一类均匀的分子,而是多种功bepaly买球能类的混合物,具有独特的生物学机制和/或作用。新的lncRNAs比较方法揭示了目前注释的成绩单中成千上万的233个bepaly买球受限制的lncRNAs。

可利用性–lncrnas的比较方法可通过slncky Evolutibepaly买球on浏览器获得:https://scripts.mit.edu/~jjenny/

Chen JShishkin AAZhu X卡德里S马扎岛Guttman MHanna JH雷吉夫A加伯M(2016) 哺乳动物的进化分析揭示了长的非编码RNA的不同种类。bepaly买球. 基因组生物学17:19。[ 文章]

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