系统地分析和注释人胚胎干细胞中的长基因间非编码RNAbepaly买球

虽然越来越多的基因间非编码RNA(lincrnas)在维持多能性和调节分bepaly买球化方面起着重要作用,这些lincrna如何在全球范围内定义和推动细胞命运的决定仍然是一个谜。对胚胎干细胞lincrnas进行系统的分析和全面的注释,不仅可以使这些新的调节器有一个更清晰的大局,而且可以揭示它们的功能。

基于多个RNA序列数据集,研究人员北京大学,中国系统地鉴定了300个人类胚胎干细胞lincrnas(hes lincrnas)。其中,四分之一(300个中的78个)的HES-lincrna被进一步鉴定为在人ES细胞中有双稳态表达。功能分析表明,它们优先参与了一些早期发育相关的生物学过程。比较基因组学分析进一步表明,大约一半已鉴定的HES-Lincrna在小鼠体内被保存。为了进一步研究这些HES-lincrna,他们为生物学家构建了一个在线门户,让他们可以交互地访问所有的序列和注释。除了通过基因组浏览界面导航外,用户还可以通过基于关键字和表达式配置文件的高级查询界面定位LincRNas,并通过多种工具分析结果。

通过整合多个RNA序列数据集,研究人员系统地描述和注释了300个HES基因。作为人类胚胎干细胞lincrnas的首次全球分析和注释,这项工作旨在为实验生物学家和生物信息学家提供宝贵的资源。

可利用性-完整功能的门户网站可在网址:http://scbrowse.cbi.pku.edu.cn

  • 唐X等。(2013)系统地分析和注释人胚胎干细胞中的长基因间非编码RNAbepaly买球.BMC基因组学2013,14(增补5),S3[摘要]

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