头颈部鳞状细胞癌的lncRNome

长链非编码bepaly买球rna (Long non-codbepaly买球ing RNAs, lncrna)在包括癌症在内的多种生物学过程和病理条件中发挥着关键作用。下一代测序技术和生物信息学程序预测存在数以万计的lncrna,我们从这些lncrna中只知道少数几种的功能,对头颈部鳞状细胞癌(HNSCCs)等癌症类型了解甚少。bepaly买球

在这里,研究人员CIEMAT的表达式数据癌症基因组图谱(TCGA),以及各种统计和软件工具,以便深入了解HNSCC中的lncRNome。基于426个样本的lncRNA表达,他们发现了5个不同的肿瘤簇,并与基于不同基因组/遗传特征的报道簇进行了比较。结果表明,基于lncrna的聚类与DNA甲基化、TP53突变和人类乳头瘤病毒感染之间存在显著的相关性。通过“关联犯罪”程序,研究人员推断出每个聚类的代表性lncrna可能具有的生物学功能。bepaly买球此外,他们发现lncRNA聚类与一些重要的临床和病理特征相关,包括患者治疗后的生存期、肿瘤分级或亚解剖位置。

lncRNA簇和其他分子畸变

lncRNA

一个基于lncrna的HNSCC样本聚类与基于不同分子特征的聚类具有显著相关性,主要是PCGs的DNA甲基化和表达(信使核糖核酸)。显著性值通过卡方检验计算得到。b,c与HPV感染和HNSCC突变与lncRNA簇的关系。卡方检验(b)或Fisher精确检验(c分别计算)。虚线红线:显著性阈值(pval < 0.05)。dlncRNA簇和hpv感染样本或KMT2D或NSD1突变样本的分布。注意在c5中HPV感染的富集,在c1中NSD1突变,在c2中KMT2D突变(红线)和c4中KMT2D突变的消耗(绿线)。p值是用费雪精确检验计算出来的。垂直的黑色线条d所选基因KMT2D和NSD1分别显示HPV+样本和突变样本

德莱纳,巴兹-加拉多,帕拉米奥-基姆,加西亚-埃斯库德罗。(2017) 基于lncRNA表达的头颈部鳞癌的分簇化:分子和临床相关中国实验胚胎学36。( 文章]

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