转座因子(TES)有助于植物中与应激相关的长基因间非编码RNA。

利用高通量测序技术,非编码RNA在动植物转录体中得到了广泛的描述。在这些非编码RNAbepaly买球中,在多细胞生物中有越来越多的长基因间非编码RNA(lincrnas)。然而,许多lincrna的起源和功能仍有待探索。在许多真核基因组中,转座因子(TES)分布广泛,通常占植物和动物基因组的很大一部分,但TES对lincrna的作用还不清楚。通过链特异性RNA测序,研究人员来自上海植物应激生物学中心分析了拟南芥中lincrnas的表达模式。水稻和玉米,识别出47个,611和398 TE相关的lincrnas(te lincrnas),分别。在水稻和玉米基因组中,转座子比DNA转座子更容易产生te-lincrnas,作为转座子拷贝数,te-lincrnas也是如此。研究人员通过链特异性RT-PCR验证了这些te-lincrnas的表达,并证实了盐处理后组织特异性转录和应激诱导的te-lincrnas。脱落酸(ABA)或冷疗法。对于拟南芥te-lincrna11195,与野生型相比,突变体对ABA的敏感性较低,表现为根系较长,茎生物量较高。最后,通过改变拟南芥染色质重构突变体DDM1的染色质状态,独特的lincrnas包括te lincrnas是从之前的未转录区域产生的,有趣的是在随后的几代中在野生型背景下遗传。这些发现不仅证明了与te相关的lincrnas在植物的非生物应激反应中起着重要作用,而且lincrnas和te lincrnas可能在真核生物中起到适应性贮存的作用。

用RNA序列分析te-lincrna11195突变体的基因差异表达

LNCRNA

(a)火山图显示了对数2倍的变化与基因的统计意义。蓝点代表有统计学意义的差异表达基因(Benjamini-Hochberg方法调整p值<0.05)。(b)对100个最显著差异表达基因进行富集分析。(c)100个最显著差异表达基因的基因组分布。蓝色的基因标签是前10位最显著表达的基因。内部轨迹中的散点图代表基因的对数2倍变化,因此,红点和蓝点分别代表上调和下调基因。圆圈图中的链接代表了5个与最显著的过度表达的“水杨酸刺激反应”相关的基因。蓝线和红线分别代表染色体内和染色体内的连接。

王德曲ZYang LZhang QLiu ZH做T,Adelson DLWang ZY塞尔一世Zhu JK。(2017) 转座因子(tes)有助于植物中与应激相关的长基因间非编码RNA。 植物J[印刷前电子版]。[ 摘要]

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