UPA-Seq——预测功能lncRNAs使用微分灵敏度紫外线交联bepaly买球

而大量的长非编码rna(lncRNAs)从高等真核生物的基因组转录,bepaly买球系统预测其功能的挑战由于缺乏保守序列图案或结构。假设一些lncRNAs函数作为大的核糖bepaly买球核蛋白复合体,从而很容易交联蛋白在紫外线照射,,北海道大学研究人员执行RNA-Seq分析rna从紫外线辐照和phenol-chloroform萃取后水相(UPA-Seq)。正如所料,UPA-Seq读取的数据映射到已知的功能性lncRNAs显著减少紫外线照射。bepaly买球与编码eCLIP数据显示lncRNAs表现出更大的减少紫外线照射后优先与蛋白质包含prion-lbepaly买球ike域(PrLDs)。荧光原位杂交(FISH)分析揭示了小说的核本地化功能lncRNA候选人,包括转录积累的网站之一。研究人员提出,UPA-Seq为lncRNA候选人的选择提供了一个有用的工具来分析深度在随后的功能研究。

小说的识别功能由UPA-Seq lncRNA候选人

lncRNA(一)MA-plot log2褶皱变化的读取在紫外线照射HippCulture andHepG2细胞的相对丰度的函数(log10 baseMeans)。亮绿色dotsrepresent lncRNAs表现bepaly买球出显著(罗斯福< 0.05)褶皱的变化,橙色dotsrepresent功能lncRNA候选人用于鱼类研究后,和暗绿色点代表已知功能lncRNAs。bepaly买球注意,只有lncRNAs nebepaly买球gativelog2褶皱变化值。(B)组功能lncRNA候选人thatexhibited显著下降(罗斯福< 0.05)在紫外线照射。基因是categorizedinto已知基因(注释)和未知基因分配ID数字withvarious前缀(RP,通用,交流,和铝)。(C,D)鱼图像显示功能的subcellulardistribution lncRNA候选人HippCulture细胞(绿色)(C)andHepG2细胞(D)。红色表示原子核与DAPI复染色。规模的酒吧,10μm。(E)示意图说明显示基因组织在Rab30 / rp11 - 113 k21.5locus和探针的位置用于同步检测。注意thesignals用探针探测rp11 - 113 k21.5与探测器与信号获得密切相关,检测Rab30内含子序列。冲linesrepresent原子核的位置。规模的酒吧,10μm。(F)18 s rRNA的半衰期,MALAT1,NEAT1,rp11 - 113 k21.5RP11-46C20.1,SNHG1,衡量byBRIC RT-qPCR。注意,功能性lncRNA候选人表现出相对较短的半衰期。

Taiwa K,横井,水户市,藤井裕久K,木村Y,Iwasaki年代,中川年代。(2018) UPA-Seq:预测功能LncRNAs使用微分灵敏度紫外线交联bepaly买球. 核糖核酸(Epub提前打印)。( 文章]

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