Urb-Rip–一种免疫沉淀lncRNA和相关RNA/蛋白质的适应性和有效方法bepaly买球

转录后基因表达调控是一个重要的过程,是由信使RNA, RNA结合蛋白之间的相互作用(RBP),bepaly买球非编码RNA(NCRNA)或核糖核蛋白(RNP)。研究mRNAs转录后调控和长非编码RNA(lncrnas)等ncrnas功能的关键是了解哪些因素与这些转录物相互作用。bepaly买球bepaly买球尽管有几种技术可以使转录物富集,无论是mRNA还是NCRNA,许多这些技术繁琐或限制在他们的应用程序。

这里的研究人员来自华盛顿大学医学院提出一个新方法免疫沉淀反应的mrna ncRNAs,Urb-RNA免疫沉淀(Urb-Rip)。该方法采用“的rrm1域复活的snrna结合蛋白urb以丰富包含茎环标记的信息。与使用ms2蛋白的技术不同,它需要大量重复MS2绑定元素,Urb-RIP只需要一个茎环结构。这种方法通常提供超过100倍的标记消息的浓缩。使用这种技术的研究人员发现浓缩标记mrna和lncRNAs microrna以及rna结合蛋白绑定到这些消息。bepaly买球他们已经证实,使用Urb-RIP,RNA polii转录的lncrna bc200和polya结合蛋白之间的相互作用。

URB RIP协议的示意图和潜在应用

lncRNA

Urb-RIP协议的第一步是标记RNA与SLII-tag感兴趣的,图中所示。在感兴趣的细胞系中,标记的RNA和未标记的对照与2ha-urb共存。经过一段时间后,细胞被紫外线照射,产生RNA蛋白交联。细胞细胞溶解和免疫沉淀反应执行使用阻塞anti-HA磁珠。然后,筛选了核糖核酸或蛋白质由一个适当的方法和分析。这种方法应适用于mRNAs和lncRNAs,并适用于各种洗脱液分析方法。bepaly买球

科特雷尔卡Djuranovic年代(2016) Urb-Rip–一种适应性强且有效的RNA和相关RNA/蛋白质免疫沉淀方法. 《公共科学图书馆•综合》11 (12):e0167877。( 文章]

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